党委办公室：负责相关党务、工会群团、科学传播等工作。 

　　所办公室：负责相关行政事务、安全保卫、保密工作、科学传播、公共事务等工作。 

　　科技处：负责和协调科技管理各项工作。

　　工程处：负责和协调大科学装置类工程项目（在建、运行、申报）的各项管理工作。 

　　资产财务处：负责和协调财务、国有资产、基本建设和后勤管理与服务工作。

　　人力资源处：负责和协调研究所人力资源管理、职工继续教育、博士后、国际合作与交流和外籍专家管理与服务等工作。  

　　教育处：贯彻执行国家、中科院有关研究生工作的政策和规定，负责本所研究生工作各项规章制度的起草工作并负责组织实施。

　　离退休工作办公室：负责离退休人员的管理与服务工作。